学院现下设5个研究所,1个中心,1个研究室,1个培训部,1个综合办公室。分别为马克思主义中国化研究所、中国近现代史研究所、马克思主义基本原理研究所、马克思主义民族理论研究所、思想政治教育研究所;中国特色社会主义理论体系研究中心;石河子大学党建研究室;马克思主义学院培训部;马克思主义学院综合办公室。