石河子大学马克思主义学院前身是石河子大学思政部，是由石河子大学组建时的石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校四所高校的马列部合并组建而成。2012年3月，石河子大学马克思主义学院成立。

学院坚持“马院姓马，在马言马”的鲜明导向和办学原则，坚持“以兵团精神育人、为维稳戍边服务”的办学理念，为巩固马克思主义在意识形态领域的指导地位，推动马克思主义进课堂、进教材、进学生头脑，培养大批爱国爱疆、扎根边疆、担当奉献的新时代社会主义建设者和接班人发挥了积极作用。2023年11月获批兵团首批重点马克思主义学院，2024年2月获批全国重点马克思主义学院培育单位。

学院是直属学校领导的、独立的思想政治理论课教学科研二级机构。设有习近平新时代中国特色社会主义思想概论、马克思主义基本原理概论、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、中国近现代史纲要、思想道德与法治、中华民族共同体概论、形势与政策、思想政治理论课综合实践教研室，以及中共党史党建研究院、兵团社会发展与国家安全协同创新中心、中华民族共同体理论与实践研究中心、大中小思政一体化研究中心、兵团精神研究中心、兵团精神教育教学研究中心、中国特色社会主义理论体系研究中心、边疆发展与安全治理研究院等教学科研机构。

现有教职工95人，专任教师87人。其中，正高级职称16人，副高级职称41人，具有博士学位教师33人，在职攻读博士学位教师18人。“绿洲学者”1人、自治区宣传思想文化青年英才1人、“兵团英才”2人、自治区“天池英才”特聘教授1人、自治区“天池英才”青年博士2人、兵团宣传文化事业领军人才1人、新疆领军人才引进计划重点地方和行业引才项目1人、兵团教学名师1人，兵团高校思想政治工作年度人物6人、入选全国高校优秀中青年思想政治理论课教师择优资助计划2人、全国基层理论宣讲先进个人1人。

2001年，马克思主义理论和思想政治教育被评为石河子大学重点建设学科。2005年，获批马克思主义中国化研究和思想政治教育两个二级学科硕士学位点。2011年，经国家学位委员会批准建立马克思主义理论一级学科硕士学位点。下设马克思主义中国化、马克思主义基本原理、思想政治教育和近代史纲要四个方向。学院加强马克思主义理论学科建设，马克思主义理论学科成为石河子大学重点建设学科。

学院发挥马克思主义理论研究优势，坚持立足新疆和兵团重大理论和现实问题开展研究，主要为中国特色社会主义理论体系研究、兵团历史与兵团精神研究、边疆社会治理与发展、兵团党史党建研究、中华民族共同体意识理论与实践研究等方向。近五年，获全国青年教师教学竞赛一等奖1项，三等奖1项；全国高校思政课教学展示活动二等奖3项；全国高校教师教学创新大赛三等奖1项；国家民委第二届“中华民族共同体概论”课程教学现场展示优秀奖1项；新疆维吾尔自治区首届“中华民族共同体概论”课程教学展示一等奖1项；兵团高校思想政治理论课教学展示活动一等奖7项，二等奖8项，三等奖9项；兵团青教赛一等奖3项，二等奖1项；兵团教创赛一等奖1项，三等奖1项。获国家教学成果奖二等奖1项，兵团教学成果奖一等奖1项，浙江省教学成果奖一等奖1项。立项兵团高校思想政治教育研究重点课题4项，一般课题8项；立项兵团教改项目重点2项，一般项目6项。

近五年获批立项各级各类项目120项，其中，立项国家社科基金项目10项（其中中宣部重大招标项目1项，重点项目2项），教育部项目1项、兵团部门项目28项（其中重点项目2项），其他省部级项目15项，科研总经费858万元。发表学术论文117篇，出版专著29部。资政报告被采纳共47篇，其中获正国级批示6篇，正部级3篇，省部级18篇，厅局级17篇，师市相关职能部门3篇。

学院大力开展社会服务。基于兵团团场和企业党员、干部和职工的思想建设需求，累计派出教师200余人次，为兵团干部、驻石部队官兵、农牧团场职工群众开展培训，开展党的理论宣讲。