学院现下设7个教研室、1个中心、1个研究院、4个办公室。分别为习近平新时代中国特色社会主义思想概论教研室，马克思主义基本原理概论教研室，毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研室，中华民族共同体概论教研室，思想道德与法治教研室，中国近现代史纲要教研室，形势与政策教研室；中国特色社会主义理论体系研究中心；边疆发展与安全治理研究院；马克思主义学院党政办公室、马克思主义学院教学科研办公室、马克思主义学院研究生管理与学科建设办公室、马克思主义学院学生工作办公室。