学院现下设7个教研室、1个系、1个中心、1个研究院、4个办公室。分别为《习近平新时代中国特色社会主义思想概论》教研室，《马克思主义基本原理概论》教研室，《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》教研室，《简明新疆地方史教程》教研室，《思想道德与法治》教研室，《中国近现代史纲要》教研室，《形势与政策》教研室；历史系；中国特色社会主义理论体系研究中心；边疆发展与安全治理研究院；马克思主义学院党政办公室、马克思主义学院教学科研办公室、马克思主义学院研究生管理与学科建设办公室、马克思主义学院学生工作办公室。