石河子大学马克思主义学院前身是石河子大学思政部，是由石河子大学组建时的石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校四所高校的马列部合并组建而成。2012年3月，石河子大学马克思主义学院成立。

学院坚持“马院姓马，在马言马”的鲜明导向和办学原则，坚持“以兵团精神育人、为维稳戍边服务”的办学理念，为巩固马克思主义在意识形态领域的指导地位，推动马克思主义进课堂、进教材、进学生头脑，培养大批爱国爱疆、扎根边疆、担当奉献的新时代社会主义建设者和接班人发挥了积极作用。2023年11月获批兵团首批重点马克思主义学院，2024年2月获批全国重点马克思主义学院培育单位。

学院是直属学校领导的、独立的思想政治理论课教学科研二级机构。设有《习近平新时代中国特色社会主义思想概论》《马克思主义基本原理》《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》《中国近现代史纲要》《思想道德与法治》《简明新疆地方史教程》《形势与政策》课程教研室，以及中国特色社会主义理论体系研究中心、兵团社会发展与国家安全协同创新中心、兵团精神教育教学研究中心及石河子大学边疆发展与安全治理研究院等教学科研机构。

现有专任教师85人，其中，教授14人（含绿洲学者特聘教授3人、“天池英才”特聘教授2人），副教授32人，具有博士学位教师23人，在职攻读博士学位教师12人。学院获得国家教学成果二等奖1项，拥有国家一流课程2门。教师中荣获“高校思想政治理论课影响力提名人物”2人、教育部思想政治理论教学能手1人、自治区“天山英才”教育教学名师1人、自治区宣传思想文化青年英才1人、“兵团英才”2人、兵团宣传文化事业领军人才1人、兵团思想政治理论课教学能手18人、兵团高校思想政治工作年度人物6人、入选全国高校优秀中青年思想政治理论课教师择优资助计划2人、全国基层理论宣讲先进个人1人。

学院既是思想政治理论课教学部门，又是马克思主义理论学科点的依托单位。2001年，马克思主义理论和思想政治教育被评为石河子大学重点建设学科。2005年，获批马克思主义中国化研究和思想政治教育两个二级学科硕士学位点。2011年，经国家学位委员会批准建立马克思主义理论一级学科硕士学位点。学院现有马克思主义理论一级学科硕士学位点，下设思想政治教育、马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、中国近现代史基本问题研究、兵团精神研究等方向。学院加强马克思主义理论学科建设，马克思主义理论学科成为石河子大学重点建设学科。

学院发挥马克思主义理论研究优势，坚持立足新疆和兵团重大理论和现实问题开展研究，在习近平治疆方略研究、兵团维稳戍边理论与实践研究、马克思主义理论工程建设研究、边疆民族地区思想政治教育研究和党的民族宗教政策研究、兵团精神研究等方面取得了一批在国内外有一定影响的研究成果。五年来，学院获批立项各级各类项目118项，其中，立项国家社科基金项目16项（其中1项为中宣部重大招标项目，1项重点项目），教育部项目3项、兵团社科项目16项（其中2项为重点项目），其他省部级项目12项，科研总经费858万元。发表学术论文190篇，出版专著18部。

学院大力开展社会服务。基于兵团团场和企业党员、干部和职工的思想建设需求，累计派出教师100余人次，为兵团干部、驻石部队官兵、农牧团场职工群众开展培训，开展党的理论宣讲。承担了兵团中小学思想政治课教师、历史教师“国培”和继续教育的培训工作。