学院坚持“马院姓马，在马言马”的鲜明导向和办学原则，坚持“以兵团精神育人、为维稳戍边服务”的办学理念，为巩固马克思主义在意识形态领域的指导地位，推动马克思主义进教材、进课堂、进学生头脑，培养大批爱国爱疆、扎根边疆、担当奉献的社会主义建设者和接班人发挥了积极作用。

学院是直属学校领导的、独立的思想政治理论课教学科研二级机构。2001年，马克思主义理论和思想政治教育被评为石河子大学重点建设学科。2005年，获批马克思主义中国化研究和思想政治教育两个二级学科硕士学位点。2011年，经国家学位委员会批准建立马克思主义理论一级学科硕士学位点。下设马克思主义中国化研究、马克思主义基本原理、思想政治教育和中国近代史基本问题研究四个方向。设有习近平新时代中国特色社会主义思想概论、马克思主义基本原理、中华民族共同体概论等7个教研室，设有兵团精神研究中心（兵团精神教育教学研究中心）、石河子大学中共党史党建研究院、兵团社会发展与国家安全协同创新中心、中华民族共同体理论与实践研究中心、大中小学思政一体化研究中心、中国特色社会主义理论体系研究中心、边疆发展与安全治理研究院等教学科研机构。

学院现有教职工98人。其中，正高级职称15人，副高级职称41人，拥有博士学位教师40人，在职攻读博士学位教师16人。全国思政课名师工作室1个，兵团名师工作室5个，自治区宣传思想文化青年英才1人、自治区“天池英才”特聘教授1人、自治区“天山英才”教育教学名师1人、自治区“天池英才”青年博士2人、新疆领军人才引进计划重点地方和行业引才项目1人、“兵团英才”2人、兵团教学名师1人、“绿洲学者”1人、银龄教师1人，获批兵团高校思想政治工作年度人物6人、入选全国高校优秀中青年思想政治理论课教师择优资助计划2人、获评全国基层理论宣讲先进个人1人。

学院深入贯彻落实党的教育方针，紧紧围绕立德树人根本任务，扎实推进新时代思想政治理论课建设。近五年，获国家教学成果奖二等奖1项，兵团教学成果奖一等奖1项，浙江省教学成果奖一等奖1项。获全国青年教师教学竞赛一等奖1项，三等奖1项；全国高校思政课教学展示活动二等奖3项；全国高校教师教学创新大赛三等奖1项；自治区、兵团高校思想政治理论课教学展示活动一等奖10项，二等奖8项，三等奖9项；兵团青教赛一等奖4项，二等奖2项；兵团教创赛一等奖1项，三等奖1项。获批兵团高校思想政治教育研究重点课题6项，一般课题10项；兵团高校思想政治工作质量提升综合改革与精品建设项目2项；兵团教改项目重点2项，一般项目6项。

学院发挥马克思主义理论研究优势，坚持立足新疆和兵团重大理论和现实问题，围绕兵团历史与兵团精神、边疆社会治理与发展、兵团党史党建、中华民族共同体意识理论与实践等方向开展深入研究。近五年获批立项各级各类项目120项，其中，立项国家社科基金项目10项（其中中宣部重大招标项目1项，重点项目2项），教育部项目1项、兵团部门项目28项（其中重点项目2项），其他省部级项目15项。发表学术论文117篇，出版专著29部。

学院大力开展社会服务。资政报告被采纳71篇，其中获正国级批示8篇，正部级3篇。基于兵团团场和企业党员、干部和职工的思想建设需求，累计派出教师300余人次，为兵团干部、驻石部队官兵、农牧团场职工群众开展培训和党的创新理论宣讲。