马克思主义基本原理。一是注重马克思主义基本原理文本研究，整体把握马克思主义理论体系。二是坚持将马克思主义基本原理与新疆、兵团的经济社会重大问题相结合。着力开展马克思主义基本原理与边疆民族宗教理论、与边疆经济社会发展、与新疆和兵团文化等研究。三是强化意识形态实践功能研究，探索意识形态安全战略。关注马克思主义关于社会发展的理论和意识形态理论，对西方马克思主义关于辩证法、异化、意识形态、实践等理论的批判和借鉴。
马克思主义中国化研究。一是突出对中国特色社会主义理论与实践的研究，将新疆和兵团的发展道路纳入到中国特色社会主义理论体系中进行深入研究。二是依托石河子大学中国特色社会主义理论体系研究中心，在中国共产党治疆方略，特别是在习近平总书记治疆方略研究上形成特色。通过建立智库、提供咨询、撰写研究报告等途径形成了服务于有关部门决策的研究特色。
思想政治教育。一是结合新疆和兵团实际，开展社会主义核心价值体系、核心价值观实践研究。二是注重兵团精神、兵团红色文化研究。三是突出新疆和兵团思想政治教育的基本理论和方法论研究，以回应新疆和兵团社会发展及思想政治教育实践中现实问题的关切。
中国近现代史基本问题研究。一是力求将理论研究同解析历史进程、总结历史经验结合起来。开展中国近现代史“四个选择”问题、中国革命、建设、改革开放的主要经验和历史规律研究，二是针对兵团屯垦戍边历史与现实研究，侧重于对历史经验和历史规律的研究和把握。